A UNE foi fundada em 1937 por estudantes contrários ao Estado Novo, atuando na clandestinidade até 1945, quando passou a ser reconhecida oficialmente.
Apesar do golpe de 1964, a UNE foi poupada da repressão, que só se voltou contra a entidade após o AI-5 de dezembro de 1968.
A partir de 1964, a UNE passou a ser controlada por grupos paramilitares e seus congressos eram realizados em áreas militares, como o quartel de Ibiúna, em 1968.
Apesar de ter sido declarada ilegal durante a ditadura, a UNE não teve nenhum de seus líderes presos pelo regime militar, que procurava manter o apoio das classes médias.
Após mais de dez anos de desarticulação e clandestinidade, a UNE foi restabelecida em 1979 e tornou-se um dos instrumentos de oposição ao regime militar.
